论文是
Environmental factors shaping the gut microbiome in a Dutch population
数据和代码的github主页链接
https://github.com/GRONINGEN-MICROBIOME-CENTRE/DMP
这个也是数据代码的下载链接，可以看目录结构
https://zenodo.org/record/5910709#.YmAcp4VBzic
今天的推文重复一下论文中的 Extended Data Fig. 10
image.png
论文中做数据计算和做这个图定义了一个很长很长的函数，这里只介绍作图代码，数据计算的过程我还看不懂
这里主要有两个数据，一个是热图颜色的数据，另外一个是加减号的文本数据，部分示例数据集如下
image.png
image.png
读取数据
dat01<-read.csv("ExtendedFig10_01.csv",
header=TRUE,
row.names = 1)
dat02<-read.csv("ExtendedFig10_02.csv",
header=TRUE,
row.names = 1)
他这里还设置了一些额外参数，我保存到abc.Rdata这个数据集里了，加载这个数据集
load("abc.Rdata")
作图代码
pheatmap(dat01,
annotation_row = NULL,
annotation_names_row = T,
labels_row = rownames(dat01),
legend = T,
show_rownames = T,
cluster_rows = clusterFeatures,
cluster_cols = clusterPhenos,
angle_col = 90,
fontsize_number = textSize,
border_color = "#EEEEEE",
na_col = "white",
fontsize = legendTextSize,
treeheight_row = 0,
treeheight_col = 0,
legend_labels = "sig*log(p-value)",
color = myColor,
fontsize_col = colTextSize,
fontsize_row = rowTextSize,
display_numbers = dat02,
breaks = myBreaks,
cellwidth = cellWidth,
cellheight = cellHeight,
filename = NA)
image.png
这里参数有点多，就不在推文里介绍了，争取录制视频介绍吧
示例数据和代码可以在公众号后台回复 20220531 获取
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